I. PEMBINA & PENGARAH SPIRITUAL
- Mengarahkan kebijakan umum, keagamaan, akhlak, manhaj, dan tradisi pesantren
- Sebagai pemegang otoritas tertinggi dalam kebijakan pendidikan dan pembinaan santri
II. YAYASAN PENGELOLA
- Ketua Yayasan
- Sekretaris Yayasan
- Bendahara Yayasan
- Bidang Hukum & Legalitas
- Bidang Kerjasama & Humas
- Bidang Perencanaan & Pengembangan
III. BIDANG PENDIDIKAN
A. Ketua Bidang Pendidikan Formal
- Bertanggung jawab atas seluruh unit pendidikan formal berbasis kurikulum pemerintah
Unit Pendidikan Formal:
- Kepala SMK Nahdlatul Ulama Balikpapan
- Kepala MTs Al-Muttaqien
- Kepala MI Al-Muttaqien
- Kepala RA Al-Muttaqien
B. Ketua Bidang Pendidikan Diniyah
- Bertanggung jawab atas kurikulum nonformal keagamaan
Struktur Pendukung:
- Wakil Ketua Pendidikan Diniyah
- Koordinator Kajian Kitab Kuning
- Koordinator Muhadlarah / Latihan Khutbah
- Koordinator Bahasa Arab
- Koordinator Bahasa Inggris
- Koordinator Tahfizh dan Tilawah
- Koordinator Amaliyah Tadris / Praktik Mengajar
IV. BIDANG KEPESANTRENAN (MA’HADIYAH)
A. Ketua Asrama Putra
- Membina dan mengawasi seluruh kegiatan santri putra
- Bertanggung jawab atas jadwal harian, keamanan, dan pembinaan karakter
B. Ketua Asrama Putri
- Sama seperti Asrama Putra, khusus santri putri
Staf Pendukung:
- Koordinator Keamanan Asrama
- Koordinator Kebersihan & Kesehatan
- Koordinator Pembinaan Akhlak dan Ibadah
- Koordinator Konseling Santri
- Koordinator Kegiatan Harian (Jadwal, Piket, dll)
V. BIDANG EKONOMI DAN UNIT USAHA PESANTREN
- Ketua Unit Usaha / Bisnis Pesantren
Unit-unit Usaha:
- General Contractor
- Koperasi Syariah Pesantren
- Laundry “Al-Muttaqien”
- Travel dan Transportasi
- Minimarket Pesantren
VI. BIDANG HUMAS, MEDIA, DAN ALUMNI
- Ketua Bidang Humas dan Publikasi
- Menangani publikasi, media sosial, dokumentasi kegiatan
- Menjalin kerja sama dengan instansi luar
- Ketua Bidang Alumni dan Relasi Umat
- Mengelola database alumni, forum komunikasi, dan jejaring alumni
