Pondok Pesantren Modern Al-Muttaqien Balikpapan, yang secara resmi bernaung di bawah Yayasan Pondok Pesantren Modern (YPPM) Al-Muttaqien, merupakan salah satu pesantren modern di Kalimantan Timur yang mengusung perpaduan antara sistem pendidikan pesantren tradisional dan pendidikan formal nasional. Dalam klasifikasi pesantren, Al-Muttaqien termasuk kategori pesantren khalaf atau biasa disebut al-haditsiyyah karena menampilkan wajah pesantren yang modern, namun tetap berakar pada tradisi keilmuan salaf.
Cikal bakal pesantren ini dimulai pada tahun 1985 ketika KH. Muhammad Anas Mochtar bersama tokoh lain seperti Maschun Sholeh, Bustani Daeng, dan Idrus Sompa mendirikan Langgar Al-Muhajirin di kawasan Gunung Guntur Balikpapan. Di bawah Yayasan Pendidikan Islam Al-Muhajirin, mereka membuka Madrasah Diniyah Awaliyah sebagai bentuk awal kegiatan pendidikan Islam. Setelah mengalami pemugaran, kegiatan pendidikan dipindahkan ke Langgar Al-Muttaqien pada tahun 1988 dan secara yuridis yayasan berganti nama menjadi Yayasan Pendidikan Islam Al-Muttaqien dengan akta notaris No. 10 Tahun 1988.
Untuk meningkatkan jenjang dan mutu pendidikan, para pengurus kemudian berinisiatif membentuk Yayasan Pondok Pesantren Modern Al-Muttaqien yang resmi berdiri pada 5 Ramadhan 1422 H / Desember 2001. Pada Januari 2002, yayasan mulai membangun asrama dan membuka Madrasah Ibtidaiyah Al-Muttaqien di Jl. Letjend S. Parman RT. 25 No. 26 Gunung Sari Ulu. Meski saat itu santri belum menetap di asrama, proses integrasi antara pendidikan formal dan pesantren mulai dilakukan.
Perkembangan signifikan terjadi pada tahun 2005 saat mulai dibukanya jenjang Madrasah Tsanawiyah dan dimulainya program tinggal di asrama bagi santri. Sebagian besar santri tingkat tsanawiyah berasal dari luar daerah Balikpapan dan merupakan generasi awal yang menikmati sistem terpadu pendidikan formal dan diniyyah, termasuk kajian kitab salaf. Guna mengembangkan kapasitas, pada tahun 2007 dibangun gedung baru di bekas lahan sekolah Kosgoro Jl. Letjend S. Parman No. 47 RT. 22 Sumber Rejo, yang mulai digunakan tahun 2008 bersamaan dengan pembukaan jenjang SMK di bawah nama SMK Nahdlatul Ulama Balikpapan.
Sejak saat itu, lokasi baru ini dijadikan pusat kegiatan pendidikan pesantren dan operasional MTs dan SMK. Sementara gedung lama tetap digunakan untuk RA dan MI. Santri tingkat MTs dan SMK diwajibkan tinggal di asrama dan mengikuti pembinaan intensif. Hingga tahun 2017, tercatat lebih dari 400 santri tinggal di asrama untuk jenjang MTs dan SMK, sementara sekitar 300 santri RA dan MI menjalani pendidikan non-asrama. Para santri datang dari berbagai daerah di Kalimantan Timur seperti Balikpapan, Samarinda, Bontang, Penajam Paser Utara, dan Sangatta.
Pondok Pesantren Modern Al-Muttaqien terus berkembang dengan tetap menjaga prinsip independensi dan netralitas dari afiliasi politik, serta dikelola secara kolektif oleh Badan Wakaf Pesantren. Seluruh aset dan kekayaan pesantren telah diwakafkan untuk kemaslahatan umat, menjadikan lembaga ini sebagai pusat pendidikan, dakwah, kaderisasi, dan studi Islam yang terus tumbuh dari waktu ke waktu.







