Selain Tahfidzul Qur’an, Kajian Kitab Kuning, dan kegiatan Sekolah Formal, Pondok Pesantren Modern Al-Muttaqien Balikpapan juga menyelenggarakan beberapa kegiatan rutin yang memperkaya spiritualitas dan keterampilan santri. Dua kegiatan utama yang dilaksanakan setiap minggu adalah Latihan Tilawatil Qur’an, Istightasah dan pembacaan Maulid Diba’.
Latihan Tilawatil Qur’an yang dibimbing oleh Ust. Alfan Rahmatullah menjadi salah satu kegiatan yang sangat dinanti-nanti oleh seluruh santri putra. Kegiatan ini dilaksanakan setiap Jum’at sore sebelum solat Maghrib berjamaah, dengan tujuan untuk meningkatkan keterampilan membaca dan melantunkan Al-Qur’an dengan suara merdu dan tajwid yang benar. Latihan ini tidak hanya berfokus pada teknik membaca, tetapi juga mengajarkan keterikatan batin kepada para santri dengan kitab suci Al-Qur’an.
Selain itu, di Masjid Baitul Muttaqien, kegiatan rutin pembacaan Maulid Diba’ juga dilaksanakan dengan dipimpin oleh Asatidz Pondok Pesantren Al-Muttaqien.
